用纸做层析，效果重复性相对差一点，对分离物的吸附性更强很多，有必要用极性比较大很多的展开剂进行操纵。是生物化学上分离、鉴定氨基酸混合物的常用技术，可用于蛋白质的氨基酸成分的定性鉴定以及定量测定。层析法的分离原理是根据物质在硅胶上的吸附力不同而使各组分分离。一般情况下极性较大的物质易被硅胶吸附，展层用的有机溶溶剂是活动相。在层析时，将样品点在距滤纸一端约

1极性较弱的物质不易被硅胶吸附。当采纳溶剂洗脱时，发生一系列吸附→解吸→再吸附→再解吸的过程，蛋白质能够用酸、碱或酶如胃蛋白酶，胰蛋白酶，糜蛋白酶水解成终极产物氨基酸。实验室中常使用酸解法水解蛋白质。

2吸附力较强的组分，移动的间隔小，后出柱；吸附力较弱的组分，移动的间隔大，先出柱。盐酸溶液中将蛋白质在110t加热大约20h，肽键断裂，此时蛋白质完全分解为氨基酸。这样混合氨基酸在两相中不断分配，

3纸层析是以滤纸作为支持物的分配层析法。它利用不同物质在同一推动剂中具有不同的分配系数，由于分配系数(Kd)不同，结果它们分布在滤纸的不同位置上。经层析而达到分离的目的。在一定条件下，一种物质在某溶剂系统中的分配系数是一个常数，

极性小的用乙酸乙酯：石油醚系统；极性较大的用甲醇：氯仿系统；极性大的用甲醇：水：正丁醇：醋酸系统；是选用有机溶剂以及水组成的。滤纸纤维素与水有较强的亲以及力（纤维素分子的葡萄糖基上的-OH基与水通过氢键相作用）